Es entregada por Hospitales y Consultorios de Especialidad. En caso que una persona haya sido atendida en el nivel primario y el o la profesional de la salud que lo ha evaluado determina que requiere de una atención de mayor complejidad, ese  paciente es  derivado a un Hospital o Consultorio de Especialidad.

Ningún usuario puede por su propia cuenta solicitar atención a nivel secundario a menos que haya sido derivado desde el nivel primario o en caso de consulta en las Unidades de Emergencia.

 La atención secundaria del SSVSA cuenta con: cinco hospitales y tres consultorios de Especialidad.